داستان خانواده کلاک که تقریباً ده سانت قد دارند و به‌طور مخفیانه در خانه یک خانواده دیگر زندگی می‌کنند و وسایل ساده را از آن‌ها قرض می‌گیرند تا زندگی‌شان را بسازند، اما زندگی مخفیانه آن‌ها با لو رفتن دختر نوجوان‌شان یعنی آریتی کاملاً عوض می‌شود و...
داستان بیست هزار سال پس از تصاحب زمین توسط گودزیلا رخ می‌دهد، زمانی که گروهی درمانده از پناهجویان قصد دارند دوباره در زمین ساکن شوند، اما در میان آن‌ها پسری وجود دارد که به دنبال انتقام است.
داستان پسری به‌نام میاماتوی دای که در سندای تحصیل می‌کند و از برادرش یک ساکسیفون هدیه می‌گیرد، ساکسیفونی که قصد دارد فوراً کار با آن را یاد بگیرد و بنوازد.
زمانی که یک قایق خالی در خلیج توکیو توجه گارد ساحلی را جلب می‌کند، هنگام تحقیق و بررسی، قایق و نیروهای گارد ساحلی طی حادثه‌ای از بین می‌روند و آزاد راه آکوا لاین را سیل فرا می‌گیرد. پس از فراگیر شدن ویدئویی از این حادثه، معاون ارشد رئیس دفتر نخست وزیری یعنی راندو یاگوچی باور دارد که این اتفاق توسط موجودی زنده شکل گرفته است و...
