«جان مکلین» (بروس ویلیس) به همراه یک مغازه دار مجبور می شود در بازی یک بمب گذار شرکت کند، اما در همین حال تمام نیویورک را برای پیدا کردن آن فرد زیر پا می گذارد.
گروه جی. آی . جوئی پس از مبارزه با اخلال گران امنیت جهانی، اینبار به جرم اقدام علیه امنیت ملی، با دستور مستقیم رئیس جمهور به جهت انهدام گروه مواجه می شوند. اما بازماندگان این جریان پی به اتفاقات پشت پرده ای می برند که بوی خیانت و دسیسه از آن به مشام می رسد...
داستان این فیلم درباره ریشه‌ها و چگونگی شکل گیری شخصیت اسنیک آیز میباشد که پس از فاش شدن رازهای تاریکی که در گذشته‌اش وجود دارند، میزان وفاداری او با یک امتحان بزرگ مواجه می‌شود و ممکن است که این موضوع، جدایی وی از اطرافیانش را به همراه داشته باشد اما...
کنشین هیمورا در برابر یک فروشنده اسلحه مرموز به نام انیشی یوکیشیرو که دنیای تبهکاران چین را کنترل می کند، قرار می گیرد. در این حین، راز "جوجیشو" کنشین هیمورا نیز فاش می شود و...
گذشته کنشین به سراغش می آید و باعث خراب شدن رستوران "آکابکو" می شود، جایی که مکان مورد علاقه او برای غذا خوردن بود. در آنجا، او یادداشتی پیدا می کند که روی آن کلمه "Junchu" نوشته شده است.
ماکوتو شیشو با کشتی مجهزش به سمت حکومت میجی در حال حرکت هست و قصد دارد دوباره هر و مرج را به ژاپن بازگرداند. حال ، کنشین هیمورا به منظور متوقف ساختن شیشو ، برای یادگیری تکنیک نهایی نزد استاد قدیمیش می رود و…
