پنگوئن های ماداگاسکار مانند گذشته ماموریتی را در پیش رو دارند و باید جلوی کسی را که قصد دارد دنیا را نابود کند، بگیرند…

این انیمیشن در مورد زندگی زنبورها در نیویورک است و مربوط به شخصیت اصلی داستان یعنی زنبوری به نام بری بنسون است که به تازگی فارغ التحصیل شده اما متاسفانه به شغل تهیه عسل علاقه ای ندارد. در لابه لای داستان توسط یک گلفروش از مرگ نجات می یابد اما…