داستان ویلی وانکای جوان و بی‌پول که امید دارد تا در شهری که به شکلات‌هایش معروف است، مغازه‌ای باز کند، غافل از آنکه در پشت پرده این صنعت باندی از شکلات‌فروشان حریص وجود دارد و...

پدینگتون که توانسته پس از گذراندن ماجراهای قسمت اول در خانواده‌ی براون جایگاهی برای خود دست و پا کند ، اکنون در تلاش است با انجام دادن شغل‌های مختلف , پولی پس‌انداز کند و هدیه‌ای ویژه برای تولد 100 سالگی عمه‌اش بخرد.

خرس کوچولویی به نام "پدینگتون" برای پیدا کردن خانه‌ای عازم شهر لندن می شود، اما در این شهر گم می شود. در همین حال خانواده ای انگلیسی این خرس بی پناه اهل پرو را پیدا می کنند و نام ایستگاهی که او را در آن پیدا کردند را بر روی او قرار می دهند و از او می خواهند به آنها ملحق شود تا وضعیتش سر و سامان بگیرد. از طرف دیگر مسئول خشک کردن حیوانات در یک موزه به نام میلیسنت (نیکول کیدمن) به سختی در پی آن است تا پدینگتون را به دام بیندازد...