در ادامه داستان‌های لاکپشت‌های نینجا، لاکپشت‌ها با همزادهای خود از دنیای دیگر ملاقات می‌کنند و باید با هم همکاری کنند تا جلوی دو شردر را بگیرند، چرا که نقشه نابود کردن جهان‌های چندگانه را در سر دارند.

داستان چهار لاکپشت برادر و ابرقهرمان که سعی در مبارزه با جرم و جنایت دارند و همزمان نباید وجود خود را در دنیای انسان‌ها آشکار کنند.