این انیمه پایانی بر انیمه سریالی Neon Genesis Evangelion می باشد. NERV با یک حمله وحشیانه از سوی SEELE مواجه می شود، اما بدلیل اینکه آسوکا در کما به سر می برد و شینجی نیز دچار فروپاشی عصبی شده، همه چیز بزودی سورئال می شود ...