پس از اتفاقات قسمت اول سونیک خارپشت حالا دکتر رباتنیک خبیث و دیوانه راهی برای بازگشت به زمین پیدا کرده و اکنون متحدی قدرتمند نیز دارد و تنها مانع آنها سونیک و دوست صمیمی‌اش تیلز خواهند بود

یک پلیس ماجراجو به نام تام در شهری خوش آب و هوا در گرین هیلز به موجودی عجیب و غریب به نام سونیک برای فرار از دست افرادی خبیث که به دنبال او هستند کمک می‌کند و…