سونیک، ناکلز و تیلز در این قسمت با رقیبی روبه‌رو می‌شوند که تا به‌حال مثل او را ندیده‌اند. شدو، دشمنی با قدرت‌هایی بی‌مانند، قدرت‌هایی که آن‌ها را مجبور می‌کند از کسی که انتظارش را ندارند، کمک بطلبند.

پس از اتفاقات قسمت اول سونیک خارپشت حالا دکتر رباتنیک خبیث و دیوانه راهی برای بازگشت به زمین پیدا کرده و اکنون متحدی قدرتمند نیز دارد و تنها مانع آنها سونیک و دوست صمیمی‌اش تیلز خواهند بود

یک پلیس ماجراجو به نام تام در شهری خوش آب و هوا در گرین هیلز به موجودی عجیب و غریب به نام سونیک برای فرار از دست افرادی خبیث که به دنبال او هستند کمک می‌کند و…