داستان درباره اتحاد میان انسان ها، بیگانه ها و گودزیلا با هم است تا در مقابل موجودی قدرتمند به نام گیدورا قرار بگیرند و...

هورو ساکاکی و متحدانش پس از شکست خردشده در دست خداوند زمین، هورو ساکاکی و متحدانش با یک قبیله مهاجم اسرارآمیز، که از انسانهایی که 20،000 سال پیش در زمین پشت سر گذاشته بودند، روبرو می شوند، کشف یک قلعه محاصره شده از شهر که از گودزیلا بلند شده است