داستان بیست هزار سال پس از تصاحب زمین توسط گودزیلا رخ می‌دهد، زمانی که گروهی درمانده از پناهجویان قصد دارند دوباره در زمین ساکن شوند، اما در میان آن‌ها پسری وجود دارد که به دنبال انتقام است.

داستان درباره اتحاد میان انسان ها، بیگانه ها و گودزیلا با هم است تا در مقابل موجودی قدرتمند به نام گیدورا قرار بگیرند و...

هورو ساکاکی و متحدانش پس از شکست خردشده در دست خداوند زمین، هورو ساکاکی و متحدانش با یک قبیله مهاجم اسرارآمیز، که از انسانهایی که 20،000 سال پیش در زمین پشت سر گذاشته بودند، روبرو می شوند، کشف یک قلعه محاصره شده از شهر که از گودزیلا بلند شده است