لاک پشت های نینجا که در نیویورک هستند، خود را برای مقابله با دشمن سرسختشان یعنی تی سی آر آی آمده می کنند. دکتر باکستر استاکمن که بر روی پروژه ی طوفان اوزونی برای دشمن لاک پشت ها کار می کند، در حال آماده سازی مقدمات حمله ای آسمانی و بزرگ به نیویورک می باشد. در ادامه آپریل اونیل خبرنگار به کمک 4 لاک پشت، قصد دارند مانع از وقوع این حمله ناگهانی شوند اما …