داستان در مورد یک کشتی‌ فضایی به نام کاوننت است که در کهکشان دور، در جستجوی یک سیاره بخصوص است. بعد از یافتن و رسیدن به این سیاره، اعضای خدمه فکر می‌کنند که یک بهشت کشف نشده را پیدا کرده‌‌اند اما خبر ندارند این یک دنیای سیاه، تاریک و خطرناک است که تنها یک نفر در آنجا زندگی می‌کند: دیوید (مایکل فسبندر)، همان رباتی که در فیلم پرومتئوس جان سالم به در برد …

تیمی از دانشمندان برای تحقیق در مورد منشاء حیات انسان با سفینه ای بنام «پرومتئوس» در کائنات سفر می کنند. طولی نمی کشد که این تیم در دنیایی بیگانه گرفتار می شوند، و در هنگام تلاش برای فرار از آن، در میابند که نه تنها جان آن ها، بلکه کل بشر در خطر است...

ژنرال پرز، فرمانده فضاپیمای اوریگا، باکمک هفت افسر دانشمند و چهل و دو خدمه در پی استفاده از «بیگانه» هاست. «الن ریپلی» (ویور) دویست سال پیش با فداکردن جان خود جلوی تکثیر «بیگانه» ها را گرفته است، اما حالا در اوریگا از طریق نمونه های خونی که از او باقی مانده، شبیه سازی می شود تا به یک «ملکه ی بیگانه» دست رسی پیدا کنند.

بعد از گریختن از سیاره بیگانگان، سفینه ی «الن ریپلی» هم در آن است، در یک معدن سقوط می کند. ریپلی می فهمد که یک موجود بیگانه که بطور مخفیانه وارد سفینه شده، علت سقوط بوده است. این موجود بیگانه شروع به کشتن ساکنان معدن می کند، اما ریپلی نمی داند که دشمن اصلی او چیزی بیشتر از این موجود بیگانه است.

پنجاه سال از زمانی که «الن ریپلی» امتحانات سخت خود برای اثبات بی گناهی اش را داده می گذرد و سفینه ی نجات حامل وی، که او را در حالت خلسه در خود نگاه می داشت و به صورت سرگردان در فضا چرخان بود، دریافت می شود. بر روی کره زمین هیچ کس داستان وی در مورد وجود آدم فضایی در سیاره ی LV-426 را باور نمی کند. اداره ای که با نام «کمپانی» شناخته می شود، گروهی را مامور می کند تا به LV-426 بروند و صحت این مطالب را بررسی کنند. پس از مدتی تمامی ارتباطات با گروه فرستاده شده قطع می شود و Company اِلن ریپلی و گروهی از سربازان بسیار حرفه ای را برای بررسی و نجات گروه قبلی به LV-426 می فرستد.

سفینه ی «نوسترومو» برای انجام پژوهش های فضایی به کهکشان فرستاده و یکی از سرنشینان آن به نام «کین» (هرت) ناخواسته باعث ورود موجودی ناشناخته به درون سفینه می شود. موجودی که خیلی سریع رشد می کند و به نظر می رسد هدفی جز کشتار و نابودی نداشته باشد..