صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.

نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.

زمانی که توماس اندرسون ، برنامه نویس رایانه با نام مستعار هکر «نئو» حقیقت را کشف می کند ، همراه با دیگر افرادی که از دنیای رؤیایی ماتریکس رها شده اند ، به شورشی علیه ماشین ها برمی‌خیزند.